Arrêt maladie dans la fonction publique territoriale : ce qu’il faut vérifier à partir du 1er septembre 2026

Votre médecin vient de vous arrêter. Jusqu’ici, votre premier réflexe était probablement de regarder les dates de l’arrêt puis de transmettre le document à votre collectivité.

À compter du 1er septembre 2026, plusieurs règles évoluent pour les arrêts de travail des agents publics : modalités d’établissement de l’avis, durée pouvant être prescrite en une fois, conditions de prolongation et possibilités de contrôle pendant l’arrêt.

Ces nouvelles dispositions concernent notamment les fonctionnaires territoriaux et les agents contractuels de droit public.

Les principales dispositions présentées dans cet article entrent en vigueur le 1er septembre 2026. Pour les plafonds de 31 et 62 jours, ce sont les prescriptions et prolongations établies à compter de cette date qui sont concernées.

Mais attention : tout ne change pas en septembre. Le délai de transmission de 48 heures existait déjà. Le jour de carence et le passage à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois du congé de maladie ne sont pas non plus créés par cette réforme.

Alors, qu’est-ce qui change réellement ? Et surtout, que devez-vous vérifier si vous êtes arrêté à partir du 1er septembre ?

Vous êtes arrêté à partir du 1er septembre : qu’est-ce qui change ?

Si vous recevez un arrêt de travail à partir du 1er septembre, quatre changements sont particulièrement importants à connaître.

1. L’avis d’arrêt doit respecter de nouvelles modalités d’établissement. Lorsqu’il n’est pas établi de manière dématérialisée, le formulaire papier doit répondre aux spécifications permettant son authentification.

2. La durée prescrite en une seule fois est désormais encadrée. En principe, elle est limitée à 31 jours pour une première prescription et à 62 jours pour une prolongation. Une durée supérieure reste possible lorsqu’elle est justifiée dans les conditions prévues par les textes.

À noter : les plafonds de 31 et 62 jours ne sont pas applicables à Mayotte.

3. La prolongation de l’arrêt obéit à des règles précises. Tous les professionnels de santé ne peuvent pas intervenir dans les mêmes conditions.

4. L’autorité territoriale dispose désormais d’un dispositif explicite de contrôle administratif de la présence du fonctionnaire pendant certains congés pour raison de santé, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures où sa présence est obligatoire.

Voyons ce que cela change concrètement.

Vous avez toujours 48 heures pour transmettre votre arrêt

Commençons par une règle qui, elle, ne change pas.

Pour un fonctionnaire territorial, l’avis d’interruption de travail doit être adressé à l’autorité territoriale dans les 48 heures suivant son établissement.

Ce délai figure déjà à l’article 15 du décret du 30 juillet 1987.

La réforme du 1er septembre modifie donc plusieurs caractéristiques de l’arrêt, mais elle ne crée pas un nouveau délai de transmission.

En pratique, lorsque vous recevez votre arrêt, vérifiez sa date d’établissement et transmettez-le rapidement selon la procédure prévue par votre collectivité.

Conservez également, lorsque cela est possible, une preuve de votre transmission : accusé de réception, courriel ou autre justificatif correspondant à la procédure utilisée.

Arrêt papier : attention au formulaire utilisé

C’est l’un des changements les plus concrets.

Les nouvelles dispositions applicables dans la fonction publique territoriale renvoient désormais aux modalités d’établissement de l’avis d’arrêt prévues par le Code de la sécurité sociale.

Il faut distinguer deux situations.

Si l’arrêt est prescrit ou prolongé de manière dématérialisée, il n’y a évidemment pas de formulaire papier sécurisé à utiliser.

Si l’arrêt n’est pas dématérialisé, le professionnel de santé doit utiliser le formulaire mis à disposition par l’Assurance maladie répondant aux spécifications techniques permettant son authentification. Le Code de la sécurité sociale prévoit alors l’envoi de l’original signé remis par le professionnel de santé.

Il serait donc incorrect de retenir :

« À partir du 1er septembre, tous les arrêts doivent être sur papier. »

La dématérialisation reste possible. C’est l’arrêt établi sur papier qui doit respecter le nouveau formalisme sécurisé.

Concrètement

Si votre médecin vous remet un arrêt papier à partir du 1er septembre, soyez attentif au document utilisé.

En cas de doute sur sa conformité ou sur les volets à transmettre, mieux vaut interroger rapidement le professionnel de santé ou votre service RH plutôt que d’attendre l’expiration du délai de 48 heures.

31 jours pour un premier arrêt, 62 jours pour une prolongation : attention à la confusion

C’est probablement le changement qui risque de provoquer le plus de malentendus.

À compter du 1er septembre 2026, la durée d’un arrêt prescrit en une fois est, en principe, limitée à :

31 jours pour une première prescription ;

62 jours pour une prolongation.

Ces plafonds ne sont pas applicables à Mayotte.

Mais ces chiffres ne signifient absolument pas qu’un agent territorial ne peut plus être malade pendant plus de 31 jours.

31 jours ne deviennent pas la durée maximale de votre congé maladie

Les 31 et 62 jours concernent la durée pouvant être prescrite en une seule fois.

Prenons un exemple.

Votre médecin vous prescrit un premier arrêt de 31 jours. À l’issue de cette période, votre état de santé ne permet toujours pas une reprise. Une prolongation peut alors être prescrite dans les conditions prévues par les textes.

De la même manière, les 62 jours correspondent au plafond de principe d’une prescription de prolongation, et non à la durée maximale pendant laquelle vous pouvez être placé en congé pour raison de santé.

Des dérogations aux plafonds de prescription sont également prévues lorsqu’une durée plus longue est justifiée dans les conditions fixées par les textes.

Votre arrêt doit être prolongé : qui peut prescrire la prolongation ?

À partir du 1er septembre, il faudra également être attentif au professionnel qui établit la prolongation.

Pour le fonctionnaire territorial, le maintien de la rémunération en cas de prolongation est lié au respect des règles de prescription prévues par le Code de la sécurité sociale.

La règle ne peut donc pas être résumée par :

« Seul le médecin qui a prescrit le premier arrêt peut le prolonger. »

La prolongation peut notamment être prescrite par le prescripteur de l’arrêt initial, le médecin traitant, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste, dans le cadre de leurs compétences respectives.

Des situations particulières sont également prévues, notamment lorsque la prolongation est prescrite par un médecin spécialiste consulté à la demande du médecin traitant, un médecin remplaçant ou à l’occasion d’une hospitalisation.

Une impossibilité dûment justifiée de recourir aux prescripteurs normalement prévus peut également être prise en compte.

Lorsque la prolongation est établie dans l’une des situations particulières admises, le motif correspondant doit être indiqué sur l’avis dans les conditions prévues par les textes.

Concrètement

Si votre arrêt risque de devoir être prolongé, n’attendez pas le dernier moment pour vérifier dans quelles conditions vous pourrez revoir le professionnel habilité à établir cette prolongation.

Une difficulté administrative sur le prescripteur ne signifie pas que votre état de santé permet nécessairement une reprise.

Votre collectivité peut-elle vérifier que vous êtes chez vous ?

Oui, dans les conditions prévues par les textes.

Mais cela ne signifie pas que votre employeur peut venir contrôler votre domicile à n’importe quelle heure.

Pour les fonctionnaires territoriaux placés notamment en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée, l’autorité territoriale peut faire procéder à un contrôle administratif de l’arrêt de travail par une personne dûment habilitée.

Ce contrôle porte sur votre présence à votre domicile — ou à votre lieu de repos s’il est différent — lorsque :

• les sorties ne sont pas autorisées ;
• ou pendant les heures où votre présence est obligatoire.

Lorsque les sorties sont autorisées avec horaires de présence, les plages prévues par le Code de la sécurité sociale sont de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, sauf notamment en cas de soins ou d’examens médicaux.

Le professionnel de santé peut également autoriser des sorties libres dans les conditions prévues par les textes.

Il faut donc regarder attentivement les indications figurant sur l’arrêt : sorties non autorisées, sorties autorisées avec heures de présence ou sorties libres n’imposent pas les mêmes contraintes.

Que se passe-t-il si vous refusez le contrôle ou êtes absent ?

Pour le fonctionnaire territorial, une absence injustifiée ou un refus du contrôle entraîne l’interruption du versement de la rémunération jusqu’à la date de fin de l’arrêt.

La période pendant laquelle la rémunération a été interrompue reste néanmoins comptabilisée dans la période de congé en cours.

Si votre lieu de repos pendant l’arrêt est différent de votre domicile habituel, soyez donc particulièrement attentif aux informations à communiquer selon la procédure applicable dans votre collectivité.

Et si vous êtes contractuel ?

Les agents contractuels territoriaux de droit public sont eux aussi concernés par les nouvelles règles.

Le décret du 29 juillet 2026 modifie le décret n° 88-145 du 15 février 1988 qui régit leur situation.

Pour leur congé de maladie, le texte renvoie désormais aux nouvelles conditions d’établissement et de transmission de l’avis applicables aux fonctionnaires territoriaux, ce qui leur rend notamment applicables le nouveau formalisme et l’encadrement de la durée de prescription.

Il ne faut toutefois pas assimiler entièrement leur régime à celui des fonctionnaires.

Le décret n° 88-145 conserve notamment ses propres dispositions relatives au contrôle médical. Pour les congés de maladie, de grave maladie, d’accident du travail ou de maladie professionnelle, un contrôle par un médecin agréé peut être effectué à tout moment.

Le contractuel doit s’y soumettre, sous peine d’interruption du versement de sa rémunération.

Le bon réflexe : vérifiez toujours votre statut avant d’appliquer à votre situation une règle concernant le contrôle d’un arrêt maladie.

Ce qui ne change pas au 1er septembre 2026

Toutes les règles dont vous entendrez parler à la rentrée ne sont pas nouvelles.

Le délai de 48 heures existait déjà. Le décret modifie les modalités de l’avis, mais ne crée pas ce délai.

Le jour de carence n’est pas créé le 1er septembre 2026. Il relève d’un dispositif antérieur.

Le passage à 90 % du traitement pendant les trois premiers mois du congé de maladie n’est pas non plus une nouveauté de septembre. Cette modification s’applique aux congés accordés depuis le 1er mars 2025.

Enfin, les plafonds de 31 et 62 jours ne remplacent pas les durées statutaires des droits à congé maladie. Ils encadrent la durée pouvant être prescrite en une fois.

Retenir que « les arrêts maladie sont désormais limités à 31 jours » serait donc incorrect.

À savoir : se former pendant un congé pour raison de santé

Le décret introduit également une possibilité intéressante dans certains parcours de réadaptation ou de reconversion.

Sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé, un fonctionnaire bénéficiant d’un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à commencer ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.

L’autorité territoriale dispose alors de 30 jours pour se prononcer sur la demande.

Cela ne signifie donc pas qu’un agent en arrêt peut librement suivre n’importe quelle formation : cette possibilité répond à un objectif précis et reste soumise aux conditions prévues par le texte.

Votre checklist avant d’envoyer votre arrêt

Avant de considérer la démarche terminée, vérifiez cinq points :

• La forme de l’arrêt : dématérialisé ou, s’il est établi sur papier, formulaire sécurisé conforme.
• Le délai : avez-vous transmis l’avis dans les 48 heures applicables à votre situation ?
• La durée : s’agit-il d’un premier arrêt ou d’une prolongation et la durée prescrite respecte-t-elle le nouveau cadre ?
• Les sorties et le lieu de repos : quelles indications figurent sur votre arrêt et votre lieu de repos est-il différent de votre domicile habituel ?
• La prolongation : si elle devient nécessaire, sera-t-elle établie par un professionnel admis dans les conditions prévues par les textes ?

Droit vérifié au 26 août 2026.